
Estas Cofradías y Hermandades tienen en muchas ocasiones origen gremial, remontándose no pocas de ellas a varios siglos atrás. En San Pablo llegó a haber más de 20, fundadas unas en la propia Parroquia y otras en conventos que dejaron de serlo —sobre todo en el s. XIX, a raíz de las Desamortizaciones de Mendizábal y Madoz—. Las Cofradías y Hermandades no Penitenciales se encuentran siempre bajo el patrocinio de una advocación determinada de la Santísima Virgen, o bien de un Santo (o Santa) Patrón (o Patrona, claro está); en la actualidad las que han perdurado y siguen establecidas canónicamente en la Parroquia de San Pablo son las siguientes:
Muy Ilustre y Piadosa Hermandad deSu origen data del siglo XIII. Fue fundada en el antiguo Convento-Hospital y Hospicio de los Antonianos (caballeros monjes dedicados a prestar socorro a los enfermos) pero en 1836, tras la Desamortización, la Hermandad se trasladó a la iglesia de San Pablo, siendo el gremio de labradores quien se hizo cargo de ella. Cada 17 de enero celebra su fiesta principal, en la que se encuadran la procesión con la imagen de San Antón por las calles del barrio, la popularísima Bendición de los Animales, el sorteo de un cerdo y el reparto de pan bendito. En la iglesia hay un retablo dedicado a San Antonio Abad en la capilla de Nuestra Señora de los Dolores.
Aunque se desconoce el año de su fundación, en los libros parroquiales de 1510 aparecen cuentas detalladas de la fiesta-romería que se celebraba a la ermita de San Miguel el día de su festividad, lo que supone que el culto al Arcángel estaba completamente consolidado y gozaba de gran popularidad, además de contar con una buena organización a cargo de la Parroquia; en los libros de 1833 la Cofradía es citada como «Muy Ilustre y Antiquísima».
La ermita, de la que hasta época reciente quedaban en pie algunas ruinas, se encontraba en lo que hoy es el barrio de la Almozara y por tanto dentro de la antigua demarcación de San Pablo; en el camino de regreso los romeros hacían estación en la iglesia de Nuestra Señora del Portillo ―entonces también perteneciente al ámbito parroquial―. San Miguel, llamado "del Tercio" porque es el capitán de los tercios o milicias celestiales, tiene dedicada una hermosa capilla en la iglesia; su Cofradía celebra la fiesta principal, con reparto de pan bendito, el domingo más inmediato al 29 de septiembre.
Cofradía de la Gloriosa Santa BárbaraSe fundó en la Parroquia en 1690 como consecuencia de las grandes tormentas que hubo en torno a aquellos años del siglo XVII para que, mediante la intercesión de la Santa y según consta en el libro de Ordenaciones o Estatutos de la Cofradía, «se librare a todos de rayos, centellas y otras tempestades»; la fiesta principal, con reparto de pan bendito, se celebra el domingo más inmediato al 4 de diciembre. En San Pablo hay un retablo dedicado a Santa Bárbara, pero además la Santa tuvo en tiempos pasados una ermita dependiente de la Parroquia en Valdespartera, entonces en las afueras de la ciudad, parte de cuyas ruinas todavía se conservan.
Esta Hermandad se fundó en 1739 en el antiguo convento de San Agustín (hoy Centro de Historia de Zaragoza); como su propio nombre indica, es la Hermandad del gremio de carpinteros.
Tras la Desamortización la Hermandad se trasladó al Colegio de las Vírgenes, pero por diversas circunstancias tuvo que cambiar de sede en varias ocasiones más: en 1838 se instaló en el convento de dominicas de Santa Rosa, después en el de Santa Catalina, luego en la iglesia de San Cayetano, en 1876 en la de San Juan de los Panetes... Por último en 1885 pasó a la Parroquia de San Pablo, donde cada 1 de mayo celebra su fiesta principal con procesión claustral de la imagen de su Santo titular y reparto de pan bendito. En la iglesia hay un retablo dedicado a San José.
No hay certeza sobre la fecha de fundación de esta Cofradía, pues si bien la tradición la remonta al s. XIII atribuyéndola al propio Santo Domingo de Guzmán (quizá por asimilación al año en que el propio Domingo fundó el cercano Convento de Predicadores: 1219), la devoción del rosario, tal como hoy la conocemos, data del s. XV; en cualquier caso la primera referencia que se halla en los libros parroquiales respecto a la Cofradía data de 1759, aunque para entonces ya estaba plenamente consolidada.
La Cofradía del Rosario tiene dos fiestas principales en el año: el primer domingo de mayo (el "domingo de la rosa"), en el que se reparten rosas previamente bendecidas, y el primer domingo de octubre (precedida de un triduo) la dedicada a Nuestra Señora del Rosario; además, en la madrugada del 12 de octubre organiza la concurridísima procesión del Rosario de la Aurora, en la que saca las imágenes de Santo Domingo de Guzmán (se encuentra en la capilla de Nuestra Señora del Carmen) y de la Virgen del Rosario (talla no expuesta a la veneración). La procesión sale de la iglesia de San Pablo y se dirige a la Basílica de Nuestra Señora del Pilar donde hace estación ante el camarín de la Virgen, regresando después a la Parroquia; a lo largo de todo el recorrido se realiza el rezo completo de los Misterios del Rosario. Esta Cofradía se ocupa asimismo de que tan hermosa devoción mariana se rece a diario antes de la misa vespertina.
Cofradía de la V.O.T. (o del Santo Escapulario) deFundada en el antiguo Convento de Carmelitas Calzados, tras la Desamortización se estableció en la iglesia de la Encarnación y luego en el Convento de Santo Domingo; finalmente en 1868 se trasladó a la Parroquia de San Pablo, donde hay una capilla dedicada a Nuestra Señora del Carmen.
La Cofradía de la Venerable Orden Tercera (V.O.T.) del Carmen, muy arraigada en la Parroquia, celebra su fiesta principal el 16 de julio, a la que precede una novena.
Real Archicofradía del Glorioso San RoqueLa devoción a San Roque en la Parroquia es muy antigua, y desde tiempo inmemorial se le vienen tributando solemnes cultos en su fiesta, el 16 de agosto, día en que la imagen del Santo se lleva en procesión por las calles del barrio y se reparte el pan bendito. Pese a tal antigüedad la Archicofradía no se fundó hasta el año 1876; anualmente organiza la fiesta principal y un triduo dedicado a su titular en los días precedentes.
Junto a la sacristía de la iglesia se encuentra la hornacina con la imagen de San Roque que se saca en la procesión.