Nave sur Muy amplia, se extiende a ambos lados del atrio, en cuya parte exterior está la puerta de San Pablo. En la nave sur hay seis capillas, muy diferentes entre sí, que albergan obras de arte de los siglos XV al XVIII.

[14] Capilla de Nuestra Señora del Carmen

En el retablo (1858, Felipe Puyó y Alejandro Miguel) flanquean a la imagen de la Virgen las de San Elías, profeta, y San Alberto de Sicilia —o de Trapani—; frescos de Vicente Román (1954). También se encuentra en esta capilla una hermosa imagen de Santo Domingo de Guzmán (s. XVII).

[15] Capilla de San Pedro y San Pablo

Lo preside un destacable retablo manierista (s. XVI) de tablas pintadas con escenas de las vidas y martirios de San Pedro y San Pablo atribuido a Jerónimo Cóssida. Completan el ornato de la capilla una importante talla de Cristo crucificado (s. XVI), otra de San Nicolás de Bari (s. XVII), la de Santa Ana, la Virgen y el Niño (principios del siglo XVI) y un retablo del s. XVIII donde hay colocada una imagen moderna de Nuestra Señora de la Medalla Milagrosa.

[16] Atrio mayor

Se cubre con bóveda estrellada (s. XVI). Los relieves del gran cancel de doble hoja (1800, Francisco y Joaquín de Mesa) representan, por ambos lados, pasajes de la vida de San Pablo. En 1849 se añadieron las puertas laterales, donde están tallados bustos de los Apóstoles.

[17] Capilla del Cristo de la Agonía

Su retablo es de la segunda mitad del s. XVII; sobre fondo de tablas pintadas con la Virgen y San Juan pende una imagen muy bella de Cristo agonizante (1588, tallada por Jerónimo de Nogueras y encarnada por Roland de Mois).

A la izquierda, la de Nuestra Señora del Rosario en sus Misterios Dolorosos (Jacinto Higueras Cátedra, 1953).

[18] Capilla de Santiago —o del Rosario—

Del siglo XVII, se cierra con gran verja de bronce y mármoles. Acompañan al retablo titular (1601, Juan Chando) las imágenes de San Judas Tadeo, Nuestra Señora del Rosario (atribuida al taller de los Mesa), San Liborio y Santa Catalina de Siena, todas ellas de los siglos XVII y XVIII.

En el lado izquierdo de la capilla está el sepulcro en alabastro (1607) de Don Diego de Monreal, obispo de Huesca; frente a él, en el lado derecho, el excepcional retablo de Santa Catalina de Alejandría (hacia 1460, temple sobre tabla atribuido a Juan Blas y Salvador Roig restaurado en 2006).

Fuera ya de la capilla, en el muro de la nave está colgado uno de los cuatro grandes lienzos que ornaban la puerta del retablo mayor (1596, Antonio Galcerán y Jerónimo de Mora, hijo): Pedro y Pablo son martirizados en Roma ante Nerón.

[19] Capilla de San Miguel del Tercio

Del s. XVII, se cierra con verja de bronce, madera y mármoles. El óleo del titular que preside el retablo es copia del original de Guido Reni conservado en Roma; ante él hay una imagen del Arcángel (s. XVII) y, en los lienzos laterales, escenas de algunas de sus apariciones. En los frescos de la bóveda figuran la Inmaculada Concepción y las Virtudes Teologales; todas las pinturas fueron ejecutadas por Jerónimo Secano.

Son asimismo dignos de mención los arrimaderos de azulejos que revisten la parte inferior de los muros, realizados en la cercana localidad de Muel.

[20] Capilla de Nuestra Señora del Pópulo

Su estructura corresponde a la reforma efectuada en 1673 por Felipe Busiñac y Borbón; se cierra con verja de bronce, madera y mármoles.

El retablo, atribuido a Juan Miguel Orliens, tiene como tema principal pasajes de las vidas de Moisés y San Pablo; en su centro el camarín de espejos (s. XVIII) alberga un icono de la Virgen con el Niño traído desde Roma a finales del s. XV, que se venera bajo la advocación de Nuestra Señora del Pópulo —Patrona de la Parroquia—.

La bóveda está profusamente decorada con yeserías donde están representadas las Virtudes Teologales y las Cardinales; en los muros, bellos arrimaderos de azulejos de Muel del s. XVII y cuatro lienzos con temas bíblicos.

Desde el último cuarto del s. XX se encuentra también en esta capilla la pila bautismal, de pórfido rojo (s. XVIII).